Kereta api Pakuan

Kereta api Pakuan Ekspres adalah kereta api ekspres yang melayani koridor Bogor - Jakarta Kota dan Bogor - Tanah Abang yang diluncurkan tahun 2000 dan menggunakan unit kereta hibah dari Jepang (Seri 6000 eks Toei). Kereta api ini merupakan kereta rel listrik (KRL) Ekspres pertama yang menggunakan fasilitas pendingin udara. Pakuan Ekspres menempuh jarak antara Bogor - Jakarta sepanjang 55 kilometer dalam waktu 55-70 menit. Nama kereta ini diambil dari nama sebuah kerajaan di Bogor yaitu Pakuan Padjadjaran.
Pakuan Ekspres berhenti di Stasiun Cilebut (Tidak setiap rangkaian), Stasiun Bojonggede (Tidak setiap rangkaian), Stasiun Tebet (Tidak Setiap rangkaian), Stasiun Manggarai (Tidak setiap rangkaian), Stasiun Cikini (Tidak setiap rangkaian), Stasiun Gondangdia, Stasiun Gambir, dan Stasiun Juanda untuk tujuan Jakarta Kota. Sedangkan untuk tujuan Stasiun Tanah Abang, Pakuan Ekspres berhenti di Stasiun Cilebut, Stasiun Bojonggede dan Stasiun Sudirman.
Pada tahun 2006 PJKA membeli 16 rangkaian baru dan rangkaian lama dijadikan kereta semi ekspres, kemudian KA Semi ekspress Dirubah menjadi KRL Ekonomi AC. Kereta ini merupakan cikal bakal kereta berpenyejuk udara lainnya. Di bulan Juli 2011, semua KRL Ekspres dihapus dan diganti KRL Commuter Line AC yang awalnya tiketnya cukup mahal (hampir seperti harga karcis Pakuan Ekspres)